Serbest Bölgede üretimde kullanılan hammaddenin gemi ile boşaltma limanına gelmesinden sonra buradan da taşımacı firma tarafından vagonlarla serbest bölgedeki işyerine taşınması durumunda söz konusu taşımacılık hizmetinde 3065 sayılı KDV Kanununun 17/4-ı maddesinde bahsedilen istisna hükmünün uygulanıp uygulanmayacağı hususu aşağıda belirtilmiştir.
3065 sayılı Katma Değer Vergisi (KDV) Kanununun;
-1/1 inci maddesinde, Türkiye'de yapılan ticari, sınai, zirai faaliyet ve serbest meslek faaliyeti çerçevesindeki teslim ve hizmetlerin KDV'ye tabi olduğu,
-17/4-ı maddesinde, serbest bölgelerde verilen hizmetler ile serbest bölgelere veya bu bölgelerden yapılan ihraç amaçlı yük taşıma işlerinin KDV'den istisna olduğu hüküm altına alınmıştır.
KDV Genel Uygulama Tebliğinin 11 Seri No.lu KDV Genel Uygulama Tebliğinde Değişiklik Yapılmasına Dair Tebliğ ile değişik "II/F-4.9. Serbest Bölgelerde Verilen Hizmetler ile Bu Bölgelere İlişkin Yük Taşıma İşleri" başlıklı bölümünde;
"3065 sayılı Kanunun (17/4-ı) maddesine göre, serbest bölgelerde verilen hizmetler ile serbest bölgelere veya bu bölgelerden yapılan ihraç amaçlı yük taşıma işleri KDV'den müstesnadır.
Söz konusu istisnanın kapsamına, yalnızca serbest bölgede ifa edilen hizmetler ile serbest bölgelere veya bu bölgelerden yapılan ihraç amaçlı yük taşıma işleri girmektedir. İhraç amaçlı yük taşıma işleri dışında, yurtiçinden serbest bölgeye verilen hizmetler ile serbest bölgeden yurtiçine yönelik olarak verilen hizmetler KDV'ye tabidir.
Buna göre, serbest bölgeden bir limana veya bir gümrük çıkış kapısına ihraç malının taşınması işi KDV'den istisnadır. Serbest bölgede üretilecek mamulün üretiminde kullanılacak malların yurtiçinden serbest bölgeye, serbest bölgeden bir başka serbest bölgeye taşınması da istisna kapsamında değerlendirilecektir. Diğer taraftan serbest bölgeden yurtiçine yapılacak taşıma işleri ihraç amaçlı yük taşıma işi kapsamında değerlendirilmeyeceğinden KDV'ye tabi olacaktır.
Örnek: Serbest bölgede faaliyet gösteren (A) A.Ş., serbest bölgede üreteceği mallara ilişkin yurtiçinden satın aldığı hammaddeleri (B) Nakliyat Ltd. Şti.'ne taşıttırmıştır. (A) A.Ş. bu hammaddeleri kullanarak ürettiği malların bir kısmını ihraç etmiş, ihraç edilen malların limana kadar taşınması işini de yine (B) Nakliyat Ltd. Şti.'ne yaptırmıştır. Ürettiği malların kalan kısmını da yurtiçine satmış ve söz konusu malları (D) Nakliyat A.Ş.'ne taşıttırmıştır. Bu durumda, (B) Nakliyat Ltd. Şti. tarafından yapılan taşıma işleri KDV'den istisna olacak, (D) Nakliyat A.Ş. tarafından yapılan taşıma işi ise ihraç amaçlı yük taşıma işi olmadığından KDV'ye tabi olacaktır.