Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından tescil edilen gübrelerin teslim ve ithali KDV’den istisnadır. Gübrelerin teslim ve ithalinin KDV’den istisna tutulabilmesi için teslim veya ithale konu gübrenin Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından gübre olarak tescil edilmiş olması gerekir.
Bu istisna ile tarım sektöründe faaliyette bulunan üreticilerin üzerindeki vergi yükünün ve üretim maliyetlerinin düşürülmesi amaçlandığından, tarımsal amaç dışında kullanmak üzere satın alanlara yapılan gübre teslimleri istisna kapsamında değerlendirilmez.
Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından tescil edilen gübrelerin üreticisi ya da ithalatçısı olmayıp satışını yapanlar, sattıkları gübreye ilişkin tescil belgesinin bir örneğini üreticilerden ya da ithalatçılardan temin ederler. İthalatçıların istisna kapsamında ithalat yapabilmeleri için gübreye ilişkin tescil belgesini gümrük idaresine ibraz etmeleri gerekir.
Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından tescil edilmiş gübrelerin içeriğinde bulunan hammaddelerin gübre üreticilerine teslimi ile söz konusu hammaddelerin gübre üreticileri tarafından ithali de KDV’den istisna olup, bu istisnadan Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığınca gübre üretimi için verilen lisans belgesi sahibi gübre üreticileri yararlanır. Lisans belgesi sahibi olmakla birlikte gübre üretimine ilişkin tesisi bulunmayanlar veya üretim tesisi gayri faal olanlar bu istisnadan faydalanamazlar.
Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından tescil edilmiş olan gübrelerin üretiminde ana hammadde olarak kullanılan doğalgazın gübre üreticilerine teslimi istisna kapsamındadır. Diğer taraftan gübrenin içeriğinde yer almayıp, gübre üretiminde farklı amaçlarla kullanılan doğalgazın (ısınma, enerji ve benzeri kullanımlar) istisna kapsamında temini mümkün değildir.
Lisans belgesi sahibi üreticiler kapasite raporlarında yer alan üretim kapasitelerini aşmamak kaydıyla üretmeyi planladıkları gübre miktarları ile gübre üretiminde kullanacakları hammadde ihtiyaçlarını altışar aylık dönemler (Ocak-Haziran, Temmuz-Aralık) halinde belirleyerek liste ile Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının onayına sunarlar. Söz konusu liste Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından değerlendirilerek onaylanır.
Üreticiler, onaylı hammadde listelerini elektronik ortamda sisteme girerek, hammadde alımında veya ithalinde kullanacakları istisna belgesini almak için bağlı oldukları vergi dairesine başvururlar. Vergi dairesince, dilekçe üzerine öncelikle, başvuranın KDV mükellefiyetinin bulunup bulunmadığı, üretim için gerekli lisans belgesi sahibi olup olmadığı, faal durumda olan bir üretim tesisinin olup olmadığı ve elektronik ortamda sisteme girilen hammadde listesi ile Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığınca onaylanmış listenin uyumlu olup olmadığı kontrol edilir.
Koşulları sağlayan üreticilere, hammadde alımı veya ithalinde istisna uygulanabileceğine ilişkin vergi dairesi tarafından istisna belgesi verilir. Vergi dairesinden alınan istisna belgesi ve eki liste, üreticiler tarafından satıcılara ve gümrük idaresine ibraz edilerek istisna kapsamında işlem yapılması talep edilir. Bu belgeye dayanılarak gübre üretiminde kullanılacak hammaddelerin yurtiçinden alımı veya ithalinde KDV hesaplanmaz.
İstisna belgesi, ilgili olduğu altı aylık üretim dönemi ile bu altı aydan önceki iki aylık tedarik süreci için geçerlidir. Bu sürenin sona ermesi halinde, istisna belgesinin süresi de sona erer. Bu süreler dışında istisna belgesi eki listede yer alan hammaddelerin istisna kapsamında temini mümkün değildir.
Gübre üretiminde kullanılan hammaddelerin KDV ödenerek alınması halinde, ödenen bu KDV’nin istisna kapsamındaki gübre teslimine ilişkin yüklenilen KDV olarak iadesinin talep edilmesi mümkündür.